Tarsus Üniversitesi’nin temelleri 1992 yılında Mersin Üniversitesi’ne bağlı olarak kurulan Tarsus Meslek Yüksekokulu ve Tarsus Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ile atılmıştır. 2001 yılında Tarsus Teknik Eğitim Fakültesi, 2005 yılında Tarsus Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu, 2009 yılında Tarsus Teknoloji Fakültesi ve 2015 yılında Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi kurulmuştur. Tarsus Üniversitesi, 18 Mayıs 2018 tarihli ve 30425 sayılı Resmi Gazete’ de yayımlanan 7141 sayılı “Yükseköğretim Kanunu İle Bazı Kanun ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde  Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun" ile kurulmuştur. Bu kanunla, Mersin Üniversitesi’ne bağlı olan yukarıdaki akademik birimlerin bağlantıları değiştirilerek Tarsus Üniversitesi’ne bağlanmıştır. Ayrıca, kanunla birlikte  iki yeni fakülte  ve bir enstitü kurulmuştur: İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, İnsan ve Toplum Bilimleri Fakültesi ve Lisansüstü Eğitim Enstitüsü. 18 Nisan 2019 Resmi Gazetede yayımlanan 17/04/2019 tarih ve 968 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile Mühendislik Fakültesi kurulmuştur. 25 Haziran 2019 Resmi Gazete’de yayımlanan 24/06/2019 tarih ve 1157 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile Uygulamalı Teknoloji ve İşletmecilik Yüksekokulu kapatılarak,  Uygulamalı Bilimler Fakültesi kurulmuştur.  8 Ocak 2020 Resmi Gazete’de yayımlanan 07/01/2020 tarih ve 2036 sayılı Cumhurbaşkanı Kararı ile Sağlık Bilimleri Fakültesi kurulmuştur.  21 Mayıs 2020 tarihi Yükseköğretim Genel Kurulu kararı ile Mersin Tarsus Organize Sanayi Bölgesi Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu kurulmuştur. Böylelikle, Tarsus Üniversitesi,  1 enstitü, 7 fakülte  ve 3 meslek yüksekokulundan teşekküldür.

Tarsus Üniversitesi Mersin’in Tarsus ilçesinde olup, Mersin şehir merkezine 25 Km Adana şehir merkezine 40 km uzaklıktadır. Yerleşke, Adana Şakirpaşa havaalanına 40 Km uzaklıkta olup, demir yolu ve karayolu (otoyol) ile kolaylıkla ulaşılabilmektedir.  Üniversite, gelişen teknoloji, çeşitlenerek artan ihtiyaç ve beklentiler ile küresel, milli ve bölgesel insan gücü ihtiyacına göre önlisans, lisans ve lisansüstü seviyede eğitim-öğrenim vermek, bilimsel alandaki gelişmeleri dikkatle izleyerek, evrensel bilime, ülkemize ve bölgemizin gelişmesine yönelik araştırma ve geliştirme çalışmaları yapmak ve bölgenin bütün paydaşlarıyla, işbirliği halinde bölgesel kalkınmaya katkı sağlamak amacıyla fiziki, idari ve akademik yapılanmasını günden güne güçlendirmektedir. 

Üniversitemiz bölgenin gelişme stratejileri ve senaryolarını da dikkate alarak; yakın, orta ve uzun vadede Ülkemizin ve bölgemizin ihtiyaç duyacağı nitelikli işgücü ve sosyo-ekonomik ve kültürel gelişimine katkı sağlayacak bilgi ve teknolojiyi üretebilmek için sosyal, beşeri, mühendislik ve sağlık alanındaki programlar ile dış ticaret ve lojistik, bankacılık, tarım ve gıda teknolojileri, mühendislik, ileri ve akıllı imalat, enerji, havacılık gibi alanlara odaklanmaktadır.